All’interno della chiesa si trovano dipinti di autori come Farinati, Brusasorzi, Caroto, Girolamo dai Libri. Due cappelle sono dedicate a importanti famiglie veronesi: Giusti e Marogna. In quest’ultima è conservato il celebre dipinto di Paolo Caliari, detto Il Veronese, la cosiddetta Pala argentea raffigurante la Vergine con Bambino tra san Giovanni Battista e sant'Antonio di Padova.
Dal video Dialoghi con l'arte, a cura dei volontari di Verona Minor Hierusalem (Rinascere dal cielo), un percorso alla scoperta della storia e dell'arte della chiesa di San Paolo.